与雅布等人所想的不一样，郑克臧摄取京口只是为了剪除清军在长江中最后一支完整的水上力量，至于京口、镇江的防务，事实上并没有投入太多的兵力，只是驻扎了区区三个海龙骧师团而已，其余大军全部直下江宁在龙潭、栖霞、乌龙山一线相继上岸，随即从东、北两面进抵石头城下，将两江总督傅拉塔、京口将军金世荣以下团团围住。
鉴于郑成功当年的失败，郑军一开抵江宁便立刻布置炮兵阵地，以大小火炮对城墙实施猛烈炮击。不过朱元璋用了二十一年的时间才修成的南京城墙历时两百余年依旧坚固异常，不要说郑军的团属轻炮无法撼动，就是师属三寸半（12磅）炮轰击上去也不过只是不轻不重的扰痒痒而已，只有重型的四寸攻城炮对于城墙还略有威胁，但一则数量太少，二来炮身太重即便以最优先级递送，真正运到第一线的也不过寥寥几门。[]
当然郑军的炮击还是牵制了清军的注意力，相当数量的清军被吸引到仪凤门（兴中门）、钟阜门、金川门、神策门（和平门）一线，以至于收拢了部分京口八旗溃兵后依旧捉襟见肘的傅拉塔只能下令堵塞其余各处城门。
见到炮击一时不能奏效，不愿也不能顿兵于坚城之下的郑克臧当即下令在西、北两面城墙下大张旗鼓的挖掘坑道。虽然只能郑军可能玩弄虚虚实实的伎俩，但是清军不得不广泛设置听音瓮缸以备郑军可能的行动。
“主上，幕府山上的中军营帐已经布好了。”侍立在郑克臧身后的侍卫长陈彤向郑克臧报告道。“几位都统制大人也已经接到命令，午时后前往大营军议。”陈彤看了看还在用千里镜仔细打量南京城防的郑克臧。“主上，该下船了。”
“形势无常，军情时刻有变，也的确不该让军前无将。”郑克臧的话有些调侃的味道，事实上根据郑军的体制，都统制不在还有总参谋和副都统制，并不会出现主将不在部队就无法及时应变的问题。“再说京口那面的情景是瞒不过雅布多久的，还是早一点拿下南京孤才心安呢。”说着郑克臧收起收起手中的望远镜。“换船、上陆”
“南京的城防固然很坚固，但是清虏守兵太少，断无面面俱到的可能，如今本藩陆师除在福建、广东的八个师和留守东宁的左武卫师以外，其余八个师全部已经聚集在南京城下了，可谓孤注一掷了。”郑克臧扫了扫面前俯首帖耳的一众武臣们。“本藩的前途、大明的国运，汉人的未来在此一举，望诸卿奋力一战。”
“臣等定然不负主上厚望，”以吴淑、林升为首的军头们齐声应和道。“拿下南京城，为先王雪耻，为本藩争前途、为大明续国运、为天下汉人不做夷狄奴才！”
郑克臧满意的点点头：“南京乃为大明国都，若能规复想必圣上也不吝公侯之赏。”
听到郑克臧的许诺，两眼放光的群臣又是一阵誓言，对此郑克臧摆手道：“孤本来也不愿意用藩中健儿的血肉来克复名城，但南京城防坚固本藩炮火无效，至于挖掘坑道也颇多阻碍，所以”
说到这，郑克臧加重了语气：“孤只要南京城，不要伤亡数字。”
群臣们身子一震，郑克臧注意到了这一点，语气一缓：“这几日，本藩的试探也有一定的结果，金陵城中的清军兵力不多却是事实，其主力又为本藩牵制在城北一线，因此，还望诸卿通报全军，以激励各部奋勇杀敌”
长夜已经过去，天色一点一点的明亮起来，在寅时初便吃过早饭的郑军次第集结起来，四月本来是江南地区淫雨霏霏的日子，但似乎知道今天将有一场血战般，日头早早的升了起来，将吸饱了水分的土地逐渐烤干。
守城的清军一大早就发现了面前这些横戈待枕的郑军士兵，从兵勇到将弁都紧张了起来。此时再度隆隆作响的炮声更加剧了他们的担心和恐惧，以至于就连傅拉塔和金世荣这样的一品大员都匆匆赶到了城头督战。
但战事并没有从神策门、金川门一线的北城开始，相反，左右射声师首先对朝阳门（中山门）、正阳门（光华门）实施强攻。当无数的郑军将手中捆扎好的浮具丢入宽阔的南京护城河后，东城的清军便只能拆东墙补西墙从太平门、通济门等处抽调援兵。
可是随后郑军左、右虎贲师在聚宝门（中华门）、三山门（水西门），左、右神武师在石城门（汉西门）、清凉门（又称清江门）、怀远门（定淮门）等处发动的攻击却让清军疲于应对。傅拉塔和金世荣心知道中了郑军牵制之计，但是面对依旧杵在神策门、金川门、钟阜门外的左龙骧师、右虎卫师两部，他们又无法轻易调动兵力出援。
经过短暂的商议，金世荣赶到仪凤门抽调守兵五百，并亲自率部增援怀远门。不过清军好不容易抽调出的兵力在郑军不计伤亡的攻击面前只是杯水车薪。巳时初，左虎贲师选锋哨第一队率先登上聚宝门边上的城墙，随后在清凉门、光华门都有郑军突破城防。
听说正阳门被郑军攻克，满城受到威胁，傅拉塔也顾不得守备北面四门了，随即匆匆率兵退往太平门，试图经由后宰门退往满城坚守。尽管傅拉塔试图悄然无声的撤退，已经成了惊弓之鸟的清军却做不到这一点，以至于撤退刚刚开始，已经得到汛报的尹民通和陈保全两人便判断出清军的动向，立刻指挥右虎卫和左龙骧两师发动强攻。
看到右虎卫两师开始攻城，各门守将慌了心神，他们有人率部加速撤退，有人指挥手下折返回来守城，更有的脱下衣甲连带一哄而散的部属逃入城内的民居中隐遁，以至于傅拉塔最后只带着不足一千五百人的部队匆匆自后宰门和西华门逃回满城。